Отважные действия Сэма Уитвикки способствовали временному затишью в противостоянии могучих механизированных машин. Юноше предстоит забыть несчастья минувших лет, чтобы окунуться в прелести взросления. Учеба в колледже, отъезд из дома меняют мировосприятие героя, заставляют почувствовать большую ответственность за собственные поступки. Внезапно разворачивается «Трансформеры 2: Месть падших», а признаком грядущего наступления становятся странные видения, преследующие студента. Злодейский заговорщик похищает носителя осколка Искры, провоцирует лучших друзей заступиться за жертву и уничтожает Оптимуса Прайма.

Побег пленника не спасает Землю от наступления армады Фоллена. Десепетиконы шантажируют захваченных врасплох землян, требуя немедленного сдачи главной мишени. Группа барахлящих, но действующих Автоботов раскрывает беглецу смысл недавних галлюцинаций. Видения предрекают, что только воскрешение поверженного робота позволит пересилить давление агрессоров. Надеясь дать другу второе дыхание, учащийся бросается разыскивать спасительную Матрицу. Цепочка смертей открывает искателю смысл загадочной программы. Бригаде заступников человечества нельзя медлить, ведь Мегатрон набирает былую силу.