Обыкновенный подросток Томас однажды неожиданно для себя отключается, а затем приходит в себя в непонятном темном замкнутом помещении. Помещение оказывается лифтом, который привозит Томаса в неизвестное место, где к нему подходит толпа незнакомых подростков. Томас понимает, что абсолютно не помнит ни собственного прошлого, ни малейших деталей прежней жизни. Именно так начинается кинокартина «Бегущий в лабиринте». Томас оказывается в неком подобии лабиринта, в котором уже живут шестьдесят подростков. Также лишившихся памяти.

Оказывается, каждый месяц в лабиринт прибывает очередной мальчик и присоединяется к остальным обреченным. Все подростки пытаются прокормиться урожаем, выращенным в лабиринте и таким образом эта община, называемая всеми «Приют», существует три года. Ребята постоянно ищут выход из огромного лабиринта, однако пока существенных продвижений в плане нет. Однажды к парням лифт привозит девочку, которая временно находится в коме. Естественно, то обстоятельство сразу меняет жизнь обитателей лабиринта, после чего начинают происходить слишком неординарные события, которые очно положат конец заточению невольных обитателей этого странного и несколько ужасающего места.