Многострадальный Нью-Йорк вновь оказался под нешуточной угрозой очередной преступной группировки, решившей поквитаться с жителями. В этот раз завоевание мегаполиса сделал своей основной целью преступник Шреддер вместе с подчиняющимся ему кланом Футов. И полицейские, и политики – все подчиняются Шреддеру, а противостоять этой преступной организации могут только истинные герои. Тьма окутывает город, и он начинает нуждаться в великолепных героях, которыми и станут главные персонажи кинокартины «Черепашки-ниндзя».

Отважная журналистка-красавица Эйприл готова пойти на крайние и иногда нелогичные меры ради хорошего репортажа. Однажды Эйприл столкнулась с невероятными существами – огромными черепашками, которые могут говорить и владеют боевым искусством ниндзя. Оказывается, эти зеленые выходцы и городской канализации очень добры и готовы рисковать, чтобы отгородить Нью-Йорк от Шреддера и его приспешников. Начинается верная дружба Эйприл и черепашек, которая приводит к невероятным столкновениям и приключениям в мегаполисе. Шреддер замыслил колоссальную операцию, которая может привести злодея к мировому господству, а потому он становится первичной целью черепашек.