Кинопроект «Обитель зла 3» продолжает рассказывать о страшных событиях, случившихся после всеобъемлющего восстания зомби, пораженных вирусом Т. Корпорация «Амбрелла» создала действительно страшный штамм, который умудрился мутировать и истребить не только людей, прямых переносчиков Т-вируса, но и заразить планету, включая флору. Человечество практически вымерло, остались только небольшие очаги жизни, и этим людям приходится постоянно двигаться по пустынным дорогам, искать бензин и остатки продуктов.

Неоднократно спасавшая всех Элис отделилась от основной группы и путешествует одна, потому как осознает опасность собственной личности для выживших. Коварные боссы корпорации «Амбрелла», засевших в охраняемых катакомбах, планируют создать настоящего клона Элис и вывести формулу совершенного создания. Прагматичные ученые стараются разработать уникальную сыворотку, возвращающую зомби остатки разума, чтобы те превратились в покорных и безопасных рабов для создания новой расы. Только Элис может быстро разрушить планы боссов и провести собственную игру, однако разум женщины захвачен компьютерной программой, контролирующей физическое состояние Элис.