Действие кинокартины «Обитель зла 2: Апокалипсис» разворачивается после печальной трагической экспедиции Элис и команды наемников в убийственные катакомбы-лаборатории компании «Амбрелла». Смертельный вирус, уничтоживший всех ученых, сумел вырваться из катакомб и начать распространение по Ракун-сити. Большинство жителей, не успевших эвакуироваться, обречены превратиться в зомби либо послужить едой страшным монстрам. Город обречен, однако правительство намерено спасти страну и быстро изолирует всех жителей, намереваясь нанести искрометный ядерный удар.

Элис просыпается в брошенной разграбленной больнице и понимает, что зараза смогла вырваться из «муравейника». Теперь у женщины есть немного времени на освобождение из города. Вскоре ее через телефон находит неизвестный ученый, и предлагает сделку: Элис выведет его дочь, оставшуюся в школе, а ученый предоставит возможность выбраться обоим. Очень скоро к героине присоединяется несколько героев, также желающих покинуть Ракун-сити. Но корпорация «Амбрелла» скрывает, что Элис – это научный эксперимент, которому предстоит опровергнуть либо подтвердить некоторые теории ученых. Причем эксперимент не единственный…